根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定处理，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并在辖区内地级市报刊上登报声明作废。然后填报《发票挂失损毁报告表》，持税控设备到国税主管机关或自行办理电子发票退回或作废手续。
税务机关对丢失增值税专用发票的纳税人，可以按发票管理办法未按照规定保管发票的情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下罚款。
税务机关对丢失空白普通发票的纳税人，可以按发票管理办法第三十六条未按照规定保管发票的情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款。情节严重的，处1万元以上3万元以下罚款。
丢失“已开具增值税专用发票”，根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)第三条规定进行处理：
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(附件1、2，以下统称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。